Le(a) graphothérapeute va tout d'abord réaliser un bilan lors de la première séance puis vous proposera ensuite des séances hebdomadaires au cabinet, sans l'accompagnateur pour les enfants. La prise en charge est généralement longue, contrairement aux graphopédagogues 5E qui s'engagent à ne pas dépasser les 10 séances (sauf cas très particuliers). La graphothérapie se veut « thérapie par l’écriture » et cherche à agir en amont, s’interroge sur les causes profondes des difficultés de l'écriture sans spécifiquement travailler le geste, la posture ou la tenue de crayon.
La graphopédagogie est basée sur la rééducation du geste graphique et sur son apprentissage et non sur l'analyse grapho-psychologique de l'écriture.